Der Nationalpark Thayatal wird als Gesellschaft mit beschränkter Haftung, kurz GmbH, geführt. Eigentümer der GmbH sind zum einen die Republik Österreich, vertreten durch die Bundesministerin für Klimaschutz, Umwelt, Energie, Mobilität, Innovation und Technologie (BMK) und zum anderen das Land Niederösterreich, vertreten durch die Landeshauptfrau. Seit April 2017 leitet Christian Übl, BSc die Geschicke des Nationalparks als alleiniger Geschäftsführer.
Das Nationalparkhaus, zwischen Merkersdorf und Hardegg gelegen, ist der Sitz der Nationalparkverwaltung und die erste Anlaufstelle für alle Besucherinnen und Besucher.
Die vordergründigen Aufgaben der Nationalparkverwaltung beschäftigen sich mit Naturschutz- und
Managementmaßnahmen, dem Entwickeln von Bildungsangeboten und der Umsetzung von Forschungsprojekten.