Gewässerökologie
Auf den ersten Blick wirkt die Thaya mit ihren stark gewundenen Mäandern, die sich so markant in die Landschaft gegraben haben, völlig unberührt. Der Bau der tschechischen Wasserkraftwerke Vranov (Frain) 1934 und Znojmo (Znaim) 1966 - lange vor der Entstehung des Nationalparks - hat den Fluss aber stark verändert.
Seither kommt es täglich zu ausgeprägten Wasserstandsschwankungen. Zu unterschiedlichen Zeiten wird ein Wasserschwall abgelassen, der den Durchfluss auf 15 bis 30 Kubikmeter pro Sekunde ansteigen lässt. Dazwischen sinkt er wieder auf drei Kubikmeter pro Sekunde, die Uferbereiche fallen trocken. Bei dem abgelassenen Wasser handelt es sich zudem um vier Grad kaltes Tiefenwasser, das die einst deutlich wärmere Barbenregion in eine Forellen-Äschenregion, mit der Bachforelle als neuer Leitfischart, verwandelt hat. Überhaupt leidet die ganze Flussdynamik. Durch das Aufstauen wird von oberhalb des Kraftwerks kein Grobschotter mehr nachtransportiert, stattdessen lagern sich Feinsedimente ab, die schlammige Zonen entstehen lassen. Bachforellen und andere Fische, die ihren Laich an schottrig, kiesigen Stellen deponieren, tun sich immer schwerer damit, geeignete Laich- und Standplätze für die Jungfische zu finden.
Seither kommt es täglich zu ausgeprägten Wasserstandsschwankungen. Zu unterschiedlichen Zeiten wird ein Wasserschwall abgelassen, der den Durchfluss auf 15 bis 30 Kubikmeter pro Sekunde ansteigen lässt. Dazwischen sinkt er wieder auf drei Kubikmeter pro Sekunde, die Uferbereiche fallen trocken. Bei dem abgelassenen Wasser handelt es sich zudem um vier Grad kaltes Tiefenwasser, das die einst deutlich wärmere Barbenregion in eine Forellen-Äschenregion, mit der Bachforelle als neuer Leitfischart, verwandelt hat. Überhaupt leidet die ganze Flussdynamik. Durch das Aufstauen wird von oberhalb des Kraftwerks kein Grobschotter mehr nachtransportiert, stattdessen lagern sich Feinsedimente ab, die schlammige Zonen entstehen lassen. Bachforellen und andere Fische, die ihren Laich an schottrig, kiesigen Stellen deponieren, tun sich immer schwerer damit, geeignete Laich- und Standplätze für die Jungfische zu finden.