Nationalpark Thayatal je veden jako společnost s ručením omezeným, krátce spol. s r.o. Vlastníky spol. s r.o. jsou republika Rakousko, zastoupena spolkovou ministryní pro ochranu klimatu, životní prostředí, energii, mobilitu, inovace a technologie (BMK) a země Dolní Rakousko, zastoupená zemskou hejtmankou. Od dubna 2017 vede dění v národním parku jako jediný jednatel Christian Übl BSc.
Nationalparkhaus, ležící mezi Merkersdorfem a Hardeggem, je sídlem správy národního parku a prvním kontaktním místem pro všechny návštěvnice a návštěvníky.
Předními úkoly správy národního parku jsou opatření ochrany přírody a péče,
vytváření nabídek vzdělávání a realizace výzkumných projektů.